Il rugby universitario è alle origini stesse del rugby italiano. La prima squadra universitaria iscritta alla Federazione Rugby è del 1928, anno stesso della fondazione della FIR. Il CUS Milano ha preso l'eredità dello sport, e in particolare del rugby, universitario dopo la seconda guerra mondiale. Nell'epoca amatoriale il CUS Milano è stato nell'élite del rugby italiano, disputando diversi campionati di Serie A. Con l'avvento del rugby professionistico, il CUS Milano ha puntato sul rugby giovanile e sull'attività riservata agli studenti universitari.
Oggi il settore giovanile del CUS Milano è uno dei più numerosi d'Italia, così come il progetto scuola è un importante modello. L'attività giovanile del CUS si sviluppa su quattro poli: Giuriati in zona 3, Carraro in zona 5, Via Natta in Zona 8 e Alhambra a Segrate. A fianco dell'attività per i più giovani, sempre più importante sta diventando quella riservata agli atleti universitari, con il ritorno di una squadra nel campionato seniores di Serie C, oltre alla tipica versione universitaria del rugby, quella a 7 giocatori, la stessa che dal 2016 entrerà ufficialmente nel programma dell'Olimpiade.


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